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查找序列的“一百种”方法

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浏览:- 发布日期:2016-10-14 15:59:51【 】

在生物公司做了些基因芯片,后续也筛到了一些自己感兴趣的基因想继续研究,那么问题来了:序列怎么找?什么方法最简单?什么方法最靠谱?

上图就是欧易提供的报告中基因列表的一部分,今天就以这个为例,给大家介绍一下查找序列的多种方法。

1、 根据基因名字来查找(genesymbol)

这是我们最常见的一种查找基因序列的方法。在ncbi、ensembl或者是其他数据库中直接输入genesymbol,就可以查到该基因的基本信息,当然也包含其具体序列。不过,如果采用该方法查找,我们需要注意一点:genesymbol往往都是基因名字的简称,有些时候不同的数据库中同一个基因的简称也存在区别,所以在查找的时候可能存在某个数据库中查找不到这个基因或者查询结果是其他的基因的情况。

2、 根据id号来查询

根据基因的id来查找基因也是非常常用的一种方法,而且基因的id号与身份证是一样的,每个基因在特定的数据库中id号都是唯一的,所以不存在一个id号对应两个基因的情况。这是我们最为推荐的一种查询序列的方法,不过需要注意的是:我们需要将id号与特定的数据库进行一一对应,当然啦,这个都不是问题,欧易给出的数据中,表头中都已经详细标明了数据库的名称了。

3、 根据基因组上的位置来查询

有的时候,许多数据中也会给出基因在染色体上的位置(一些信息还不太明确的ncrna),我们也可以在ucsc等数据库中直接根据位置信息查找序列,不过需要明确的是,我们在采用这种方法进行查询时候,需要明确我们是采用了哪一个版本的基因组信息(hg19和hg20),不同版本对应的相同的位置上序列可是不一样的。

以上就是我们常见的一些查询序列的方法,每种方法都有其对应的需要注意的问题,这里给大家简单罗列一下,希望能够在序列查询过程中给大家一点帮助。

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