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蛋白结构预测分析

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浏览:- 发布日期:2016-12-06 15:52:22【 】

做膜体系酵母双杂的筒子们看过来啦~~~还记得吗?小编上次讲解了根据蛋白质不同结构,需要选用不同的ad/bd载体,以便于与互作蛋白相连的泛素nubgcub-lexa-vp16可以相互作用,从而被泛素特异性蛋白酶(ubps)识别、切割、启动报告基因表达,进而筛选相互作用因子。如果不记得了… …通过下面的表格回顾起来吧↓。

n端位置

c端位置

合适的诱饵载体

备注

胞质

胞外/细胞器腔

pbt3-n

……

胞质

胞质

pbt3-n/pbt3-ste

……

胞外/细胞器腔

胞质

pbt3-suc

n端有信号肽

胞外/细胞器腔

胞质

pbt3-ste

n端无信号肽

那么问题来了,虽然知道什么情况选择何种载体了,然而我的蛋白质结构到底是怎么样的呢?n端、c端到底在哪儿?以及n端有无信号肽呢?

这个时候就需要我们通过蛋白质的氨基酸序列来预测蛋白结构了。下面,小编就来介绍几个常用的蛋白预测网站。为了方便说明,我们以一个已报道过的耐盐蛋白(tasc genbank:ay956330.1)为例进行介绍。

首先,找到目的基因的orf区,翻译为氨基酸序列。如果是已登录的基因,可以直接在ncbi上下载。下面是该基因的氨基酸序列↓

menlamlwgiigpgvagalfgagwwfwvdavvcsavqvsfihylpgifaslaalmfncvdkdaigndyyssygddsewrvklwlfvayvvsfvclagsvgllvqdaltdkgpsvwtgvagvlqcvfvlisgltywtchted

打开在线软件tmhmm网址,输入目的序列:

网页截图如下↓

然后,点击提交,等待预测结果,该蛋白预测结果如图所示,n端和c端均在膜内,有四个跨膜区。

感觉是不是so easy,下面再介绍第二个在线蛋白预测软件phobius。同样的,分两步走,首先找到目的蛋白的氨基酸序列,然后输入、提交、分析预测结果即可。下面是tasc在phobius中的预测结果,该网站预测结果中还包含蛋白是否含有信号肽,tasc不含信号肽,而蛋白拓扑结构预测结果与tmhmm预测一致。

另外,小编再附送一个专门用来预测信号肽的在线预测软件,感兴趣的同志可以去进行尝试噢~~~~

综合不同网站分析结果,再根据前面载体选择条件就可以选择相应的载体了~~~~~对了,本例中的tasc可以选择载体pbt3-n。

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