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dna甲基化pcr引物的设计(二)

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浏览:- 发布日期:2016-11-29 08:47:52【 】

昨天的上篇(甲基化pcr引物的设计(一))欧易生物为老师介绍了一款可以在线进行cpg岛分析和引物设计的软件,现在为您介绍一款不依托于网络,可以离线进行分析和设计的软件:abi公司推出的methyl primer express v1.0。

首先下载完软件安装包,按提示安装完毕即可使用(如果您有需要,可拨打欧易生物服务热线4006-4008-26)。

打开软件,在框中输入您所关注的dna序列

接下来,我们要进行cpg岛评估:

点击 “find cpg islands”,将弹出下面提示框:

点击“是”,则可以根据您的需要修改cpg岛参数,点击“否”,则按默认参数进行cpg岛评估,结果见下图:

如图所示:该序列含一个cpg岛,位置为序列661bp-1190bp。点击“next”,将会把cpg island 1作为默认序列进行引物设计,当然您也可以随意选取您感兴趣的区域进行引物设计:

继续点击“next”,选择”designbsp primers”

继续点击“next”,则会弹出引物设计参数选择的提示框,点击“是”,则可以根据您的需要修改引物参数,点击“否”,则按默认参数进行引物设计:

点击”ok”,软件会根据您设置的参数进行引物设计,结果如下图:

图中不同颜色箭头分别代表上下游引物位置,点击您感兴趣位置的箭头,则该箭头会变成白色,点击右下角红色框中按钮“>bsp primer report”,则会导出word版引物完整信息

点击图示方框中位置进行保存即可。

文件中会包含原始dna序列,亚硫酸盐转化后序列和10对pcr引物信息,第一对引物信息即是您选中的白色箭头引物,包含引物序列,退火温度,pcr产物长度等。

欧易生物诚挚的希望我们的努力能为您提供力所能及的帮助!

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