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非常实用的序列存储和分析软件—lasergene

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浏览:- 发布日期:2016-05-31 14:34:00【 】

生物学实验中基本上都会涉及到基因/蛋白的序列,针对序列也有非常多的软件用以存储和分析,这里再给大家推荐一款功能丰富、操作简单的软件——lasergene(一直以来都是用这款软件,十分好用)。

lasergene功能丰富,包含了碱基序列存储标记、酶切位点分析、蛋白翻译、序列比对、引物评估、蛋白序列分析等一系列功能。

下载安装之后,就是长这样的:

非常实用的序列存储和分析软件—lasergene

接下来详细介绍这款软件在序列存储和标注分析方面的应用:

序列存储和标注分析

1、  存储

23都可以用来存储数据(文件格式分别是sbd和seq),一般可以直接用2,因为后面的序列标注分析都是在这里进行的。下图就是2存储序列的原始页面。

非常实用的序列存储和分析软件—lasergene

2、  初步标注

完成原始序列存储后,可进行基因orf区的标注、大小写区分基因元件、蛋白翻译等。

edit——find——orf——findnext(一般选择最长的那条,可以和ncbi上信息验证一下),此时orf区就会被选中。

非常实用的序列存储和分析软件—lasergene

features——newfeature——在note中加入标记(orf或者cds),就可以把该基因的orf区标记出来。为了符合生物学上对序列常规的标记,可以通过format——case——选择将碱基标记成大写字母。

下一步就是对orf区进行蛋白翻译(不是必须的,可以看情况选择是否进行这个操作):

取消左侧的蛋白翻译——选中标记的orf区——partialtranslations——new translation——键入名称(orf或者cds等)——ok,即可将标记的orf序列进行蛋白翻译。(file——save,便可将这种格式进行保存)

注:如果想查看某个碱基改变是否会影响蛋白序列,只需要把对应碱基进行置换,对应的蛋白序列就会发生变化,一目了然。

非常实用的序列存储和分析软件—lasergene

3、  序列查找及深入标记

除了对序列的初步信息的标记外,还可将设计的引物进行标记,方便后续的信息查询。

根据设计得到的引物序列,在edit——find中进行查找,标记引物标签(与标记cds操

作一致),右击标签—— editfeature style——修改标签的颜色和样式等

非常实用的序列存储和分析软件—lasergene

通过对目标序列的处理,就可以对目标序列的许多信息进行标注,简单实用。

当然,这里只是针对序列的初步存储和标记的一些介绍,这款软件还有许多的实用功能,我们未完待续。

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