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非常实用的序列存储和分析软件——lasergene(part 2)

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浏览:- 发布日期:2016-06-01 10:47:00【 】

上次我们提到了这款软件在序列存储和标记的一些基础功能,今天我们着重介绍一下在酶切位点分析及酶切鉴定方案选择方面的应用。 
分子实验中基本都会涉及到将目标基因与特定载体进行连接,以便进行后续的一系列实验。为验证目标序列是否成功地与载体相连接,我们可以选择许多方法进行验证:菌液pcr,质粒大小初步判定,测序确认等。为提高前的正确率,这里可以推荐一个方法,就是通过酶切鉴定的方法,基本判定质粒的正确性后,再送测序,极大提高成功率,减少测序的费用。 
1. 根据实验设计将目标序列与载体序列进行正确拼接 
2. 双击cds标签就可选中目标序列(蓝色背景),未选中的就默认是载体序列,enzymes displayed—— filter by selectors——选择一项勾选(比如说neb),这样右侧的序列就出现酶切位点的信息。 

 

3. 为了方便查看,可点击minimap转换成简单模式,根据酶切位点出现的频率对酶切位点进行排序。每条蓝色的短线就代表一个酶切位点,蓝色背景就是目标序列。这样,我们就可选择单酶切或者双酶切预测酶切后的条带模式(一般会选择两个酶切位点,一个在载体上,一个在目标序列上)。

一般可选择的酶切方案有很多,如上图所示,可以选择bsti进行验证,酶切后的目标条带是1836bp + 1371bp。通过这种酶切方案,如果酶切条带与理论条带一致的话,基本说明目标条带的正确连接。 
4. 额外的说明(内切酶的筛选) 
当然,每个实验室购买的内切酶的种类都是有限的,虽然酶切方案中有很多候选方案,但如果实验室没有这些酶,也是行不通的,所以我们需要先对酶的种类进行限定,再进行后续的分析。 
enzymes——newselector——重命名(如lab),type选择pick——将实验室有的酶逐一添加到lab的标签下——ok,就可生成lab的内切酶标签。在选择酶切时勾选lab即可。 

3

这样一来,我们在进行酶切方案选择的时候就可以只根据实验室现有的内切酶种类进行分析了。 

这些是针对该软件的一些基本功能的介绍,如果大家有兴趣的话,可以尝试使用或者联系凯发k8官网下载欧易,真的是一款非常方便的软件。


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