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ffpe样本与新鲜样本之间捕获测序效果的比较

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浏览:- 发布日期:2016-10-26 08:43:02【 】

简介

本文对使用ffpe和新鲜冻存样本提取的dna的靶向捕获的二代结果进行了比较。

实验设计:

  • 样品:新鲜冻存和ffpe保存的正常结肠组织分别提取dna。

  • 捕获平台:nimblegen’s comprehensive cancer panel design。

  • 样品起始量:500ng、250ng、100ng,实验进行一次重复。

  • hiseq 2000, 2 lane。

结果比较:

1. 数据统计

从上表可以看出,使用ffpe样本除了duplication率明显高于新鲜冻存的组织样品外,其他数据与fresh frozen差别不大。在使用100ng起始量时,mean coverage和median coverage都低于新鲜冻存样本。

2. 覆盖度

在1x、20x、40x深度以上的目标区域覆盖度在两种样本中基本没有差别;80x、100x深度以上的目标区域覆盖度仅100ng ffpe样本偏低,500ng和250ng基本无差别。

3. snp比较

对突变位点进行20x和40x覆盖度筛选情况,250ng和500ng起始量两种类型的样本间相同的snp数量较多,但是随着覆盖度筛选深度增加,新鲜冻存样本得到的snp数量也会有所增加。100ng起始量两种类型的样本间相同的snp数量明显减少。

参考文献:

raterman, d., jefferson, k.,wendt, j., brockman, m., and burgess, d. (2013). target enrichment protocol forpreparing formalinfixed paraffin embedded (ffpe) tissue samples fornext-generation sequencing. roche nimblegen inc., madison, wi.

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