search
技术服务021-34781616

欧易生物

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置凯发k8凯发k8网址官网下载首页 » 新闻资讯 » 技术&解读&应用 » isag 2017最新报道:sequel系统进行牛基因组研究

isag 2017最新报道:sequel系统进行牛基因组研究

返回列表 来源: 查看手机网址
扫一扫!扫一扫!
浏览:- 发布日期:2017-08-11 10:43:27【 】

?

如果你没有参加在爱尔兰共和国首都都柏林举办的36th international society for animal genetics conference,你将失去喝到吉尼斯黑啤酒(guinness,英国产强性黑啤酒的一种)和体验爱尔兰口音(irish brogue)的机会。不吊胃口了,小编今天给大家带来一篇简讯,也许能稍稍领略本次会议的风采。

?

本次会议吸引了来自世界各地的750多名科学家,他们在会谈和海报中提出的研究质量很高,其中提供了有关动物研究的一些新进展。而pacbio公司则带来了smrt应用的更新,高质量基因组装配和注释的产生进一步凸显了三代的优势。

上图为会议议程

鉴于smrt测序技术提供的长读长测序已经为本次会议相关领域带来了深刻的变化,该领域的不少研究者近期都focus在育种研究上。smrt测序技术已经为许多经济价值很高的物种提供了基因组组装,包括鸡、绵羊(sheep)、家山羊(goat)、猪、牛(cattle)、马、骆驼和大西洋鯡等。pacbio的一些报告还带来了免疫区域单倍型(immune region haplotypes)的long-read sequencing data,如白细胞受体复合物和主要组织相容性复合物(the leukocyte receptor complex and the major histocompatibility complex)。

pacbio举办了一个早上的研讨会(morning seminar),综合地展示了smrt技术如何帮助动物基因组转录组的研究。

阿德莱德大学(university of adelaide)的约翰·威廉姆斯(john williams)介绍了使用sequel系统数据生成的水牛基因组的初步组装。威廉姆斯——国际布法罗基因组联盟(international buffalo genome consortium)的成员——描述了以前的工作(它们都是利用ngs技术产生的short reads进行组装的)在连续性和完成度方面的局限性。科学家们寻求参考级别的基因组组装,因而转向使用pacbio三代测序系统,利用falcon-unzip可以更加有效的分析组装二倍体基因组。虽然大会尚未结束,威廉姆斯的报告已经展示了一个非常棒的组装:contig n50为18.7 mb。

研讨会的另一个发言人是pacbio的emily hatas,讨论了richard kuo在roslin研究所生成的鸡基因组注释[1]。在该项目中,科学家们将iso-seq方法与smrt结合使用,以鉴定64,000个转录本,其中包括17000多个以前没有注释的非编码rna。

风景如画的爱尔兰首都

[1] s. thomas, j. g. underwood, e. tseng, et al., long-read sequencing of chicken trans and identification of new tran isoforms[j]. plos one. 2014, 9(4):e94650.

推荐阅读

【本文标签】:
【责任编辑】:欧易生物凯发k8官网下载的版权所有:http://www.oebiotech.com转载请注明出处

欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
 网站地图  凯发k8官网下载 copyright © 2016 凯发k8官网下载 保留所有权利