search
技术服务021-34781616

欧易生物

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置凯发k8凯发k8网址官网下载首页 » 新闻资讯 » 技术&解读&应用 » lncrna不同数据库名字如何统一?

lncrna不同数据库名字如何统一?

返回列表 来源:
扫一扫!扫一扫!
浏览:- 发布日期:2016-10-19 08:56:50【 】

长链非编码rna(long non-codingrna,lncrna)是长度大于200个核苷酸的非编码rna。研究表明,lncrna在剂量补偿效应(dosagecompensation effect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,近年来成为遗传学研究热点。但是随着研究的深入,科研工作者发现lncrna没有统一的命名规则,很多收录lncrna的数据库都是独立运行,并且有的数据库在国内运行总会出现这样那样的问题,导致lncrna的查询和信息获取出现难点,肿么办呢?不急,总会有办法的,lncipedia数据库就很好的解决了这个问题,非常便于我们查询lncrna信息哦。

1.lncipedia数据库简介

lncipedia数据库整合了多个人类(human)lncrna数据库信息,很大程度上解决了lncrna数据库各自为政的问题。自2012年发表至今,该数据库现已更新到4.0版本,更新时间为2016年5月25日。目前lncipedia共收录118,777个人类注释lncrna转录本,这些转录本均包含序列、基因组位置、源自数据库等注释信息。

链接为:

从上图可以看出,该数据库主要包含7个板块,其中search、download是绝大部分科研工作者会使用到的,小编就这两个板块使用方法进行介绍,您看懂、学会后就不用再对lncrna查询问题烦恼啦~

2.lncipedia数据库命名规则

lncipedia数据库对收录的每条lncrna转录本,都会给定一个在该数据库下的名称,为更好的使用lncipedia数据库,我们需要先明确该数据库针对每条lncrna转录本的命名规则。如下图,每个转录本均包含表格中的5部分内容,即转录本id,基因id,染色体位置、正负链、转录本长度。

可以看出,每个转录本名称均是以“lnc-基因名-lncrna序号:转录本序号”4部分组成,其中“基因id”是编码蛋白基因的官方genesymbol,以此为标志对该编码蛋白基因附近的lncrna进行命名;“lncrna序号”表示的是与编码蛋白基因在同一条链上的lncrna的远近关系,最近的命名为1,以此类推,所以“lnc-基因名-序号”是lncrna的genename;如果lncrna有不同的转录本,则用“:转录本序号”来表示,原则为同一条链的属于该lncrna的最上游转录本为1,依次排列2,3…. 。例如lnc-fam72c-2:1整体表示该lncrna转录本是与基因fam72c邻近的第12个lncrna分子的第2个转录本。下图更形象的展示了命名规则,sox1为编码蛋白基因,附近有3个lncrna,每个lncrna又有不同数目的转录本。

3.lncipedia数据库lncrna查询(search)

search主要是帮助我们快速的检索到需要查询的lncrna信息。检索的方法有多种,如我们可以通过基因name/基因id、转录本name/转录本id进行查询,见下图。

以lnc-fam27b-25为例进行检索说明。在name/id处输入lnc-fam27b-25,然后点击search,最后检索到6个lncrna转录本。

如果不清楚lncrna在lncipedia数据库中的id或name,但知道其他数据库的名字,也可以查询,例如ensembl数据库enst00000430079(下图)、refseq数据库的nr_034004、noncode数据库的nonhsat001026等。除了利用name/id进行搜索外,还可以利用染色体位置、序列来源数据进行搜索或限定条件。

如果想了解lncrna更为详细的信息,比如序列,可以点击任意一个检索到的lncrna,页面就会呈现相应的lncrna详细信息,例如刚才查询的lnc-emsb4y-1:1,点击lnc-emsb4y-1:1,即可获取信息,将包含该lncrna的来源,序列长度、图示,序列,保守型,靶向该lncrna的mirnas等信息。

4.lncipedia数据库lncrna下载(download)

lncipedia数据库中另外一个重要部分就是download了,如果用户想一次下载或整理多条lncrna信息,那就使用download中,下载所有lncrna信息,然后进行检索。

在下载时,可以选择不同的基因组版本,也可选择下载数据的不同格式,使用者可以根据所需自行选择。

好了,关于lncrna不同数据库的名字统一问题就讲述到这里喽,期待下次再见~

推荐阅读

【本文标签】:
【责任编辑】:欧易生物凯发k8官网下载的版权所有:http://www.oebiotech.com转载请注明出处

欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
 网站地图  凯发k8官网下载 copyright © 2016 凯发k8官网下载 保留所有权利