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浅析dsn酶如何“求同存异”

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浏览:- 发布日期:2016-12-05 09:52:38【 】

经常会有老师问到这样的问题:我的样品量少,能构建酵母文库不?我们的回答是肯定的,只要1-2ug的总rna就可以进行建库。那怎么保证文库的cdna不存在重复序列,而且覆盖的转录本信息多呢?我们的回答是选择duplex-specificnuclease来进行均一化

利用duplex-specific nuclease(dsn)进行cdna均一化是一种可应用于全长丰富的cdna均一化的高效方法。此方法基于核酸杂交动力学和双链dna特异的dsn酶的独特特性。 dsn是来自红金蟹的一种特异性核酸酶,具有热稳定性,在60-65℃时具有最大活力,即使在70℃高温孵育20min后仍然具有25%的活力,正是由于dsn的热稳定性,在cdna复性条件下dsdna降解,可以防止二级结构和sscdna片段里的adapter sequences非特异性杂交的形成。

dsn处理示意图

复性过程中,高丰度基因更频繁地转变为双链的cdna。这样,就明确地形成了两部分:高丰度的cdna部分和均一化的单链cdna,接着双链cdna被dsn降解;ss cdna可经pcr放大,对pcr引物和条件进行了优化,减少对更短片段的扩增趋势。

dsn均一化处理能够降解掉高丰度的dna分子来自rrna, trna,管家基因,而保留低表达丰度的dna分子,降低了高拷贝基因的丰度,使在cdna样本中的基因浓度趋于一致,因此可以大大提高的效率和发现极低丰度基因的能力

通过介绍dsn酶的工作原理,老师不用担心样品量少,构建的酵母文库有冗余了,而且欧易专业构建文库12年,因为专业,所以放心!

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