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如何在ensembl数据库中查找目标序列的上下游序列

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浏览:- 发布日期:2016-10-13 10:25:27【 】

我们在研究中往往需要找到目标序列的上下游序列,比如我们有一个snp的rs号,可以通过什么方法找到snp位点的上下游序列呢?

第一步:通过rs号查找到ncbi中的对应信息

这里可以看到该snp附近序列的信息及染色体情况、基因名称、物种等。

第二步:将该snp的序列信息在ensembl中进行blast比对

注意选择相应的物种。

以下就是比对序列后得到的结果:

第三步:点击查看详细信息(点击view results)

在这里,我们可以看到序列比对的详细结果,包括染色体号、染色体上的位置、基因名称等。

第四步:点击sequence查看到详细的序列信息。

红色的字体代表的是输入的比对序列,上下游分别是300bp的序列,红色背景指代的就是外显子区域。

简单几个步骤就可以通过snp的rs号查找到上下游的相对应的序列,是不是很简单,快快行动起来,动手试一试吧。

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