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如何在kegg数据库中查找关注pathway?

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浏览:- 发布日期:2016-05-19 11:11:00【 】


看官又见面喽,前期我们介绍了如何在kegg数据库中diy标记关注基因?这次与大家共同看一下,如何在kegg这个强大的数据库中查询关注的pathway呢,又如何解读pathway呢?

1.打开kegg数据库凯发k8凯发k8网址官网下载首页,链接如下:http://www.genome.jp/kegg/,如下所示:

点击“kegg pathway”字样链接,可见如下界面:

一直往下看,会发现kegg数据针对pathway做了分类,主要包含metabolism、genetic information processing、environmental information processing、cellular process、organismal systems、human diseases、drug development七个方向,并针对每个方向还有更为细致的分类,例如metabolism包含carbohydratemetabolism、energy metabolism、lipid metabolism等,各位看官可以根据您的研究方向或感兴趣通路选择具体的pathway进行查看。

2.假如我们关注carbohydrate metabolism下的pentose phosphate pathway,点击后获得如下界面:

其中最上面的reference pathway表示我们目前查看的通路是所有物种通用的pathway,下面的一段文字是对这个pathway的介绍,再下面网络图显示此pathway具体信息。

其中带有pentosephosphate pathway字样的方框点击开可发现对这个通路的其他信息介绍,同时可看到这个通路的idmap00030),这个用map开头+数字组成的id表示所有物种通用的通路id,如果是某一特定物种的id,会以该物种的3个字母简写名字+数字组成,例如hsa00030。在网络图中方框表示的是参与反应的酶,例如1.1.1.47,这是酶的ecnumber,国际酶学委员会赋予的编号。

小圆圈表示化学反应中的化合物,例如beta-d-glucosec00221)。箭头代表的是反应方向,虚线表示此反应可以通过中间产物或其中途径发生联系。大椭圆表示与此通路相关的另一个pathway。如果您想要只关注humanpentose phosphate pathway,就可以在reference pathway处进行选择,之后点击go即可。

这个时候您会发现在第一行显示与不选择物种时有一定区别,会标记为human信息,同时点击网络图中的带有pentose phosphate pathway的方框,里面会有human的这个通路的信息,包含了human该通路的pathway idhsa00030)和介绍。

网络图本身也有变化,部分方框为浅绿色,其他不变。其中浅绿色方框为人类含有的酶,例如3.1.1.17,把鼠标放在上面会有相关信息显示。白色方框的酶在人类中不含有,把鼠标放在上面不会有任何信息显示。

浅绿色方框可以点击开查看详细信息,例如点击3.1.1.17,获得如下界面,entry为该酶在kegg数据库中的idgene name为此酶的简化名,difinition为此酶的通用名字ec numberko是在kegg数据库中该酶的同源序列号,pathway中罗列出了该酶参与的通路,除此之外,还显示很多其他信息,例如编码该酶的三级结构(structure)、基因序列(nt seq)和氨基酸序列(aa seq)等信息。

注意哦,上图的右上角,有一个help字样,如果您对此页面中信息不清楚,可以点击help,页面里对每项都有相应的详细介绍。

如果您知道自己关注通路的id,可以直接在第一步的基础上直接搜索,也可以获得特定物种的通路信息,例如上面的humanpentosephosphate pathwayidhsa00030,我们就可以直接用这个id进行搜索,具体操作为在步骤1的第二幅图中填入id号,选择物种has,点击go即可,页面如下:

在出现的页面中,点击hsa00030这个通路即可。

按照以上步骤就可以随心所欲地查询自己感兴趣的通路啦,再也不怕别人嘲笑pathway小白喽,很简单有没有?今天主要针对代谢通路进行了解释,后期会不定时与您分享其他方向通路的查看过程和注释,请静等小编的下次分享哦~

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