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手把手教你安装r常用软件包

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浏览:- 发布日期:2017-12-27 15:41:49【 】

01

在r安装的时候,请注意添加:--enable-r-shlib参数,注意prefix参数可以设置r将要安装的路径,enable-r-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享,这个选项一定不要忘记添加,否则以后安装某些包的时候会出现error in dyn.load的错误。

将安装好的r添加到环境变量

export =/share/work/biosoft/r/r-vv3.0.0/lib64/r/lib:$ld_library_path

export path=/share/work/biosoft/r/r-v3.0.0/bin/:$path

02

另外安装的版本一般选择稳定版本,例如r-3.0.0而不是r-3.0.1这种。

03

r软件包安装:r cmd install

install.packages()

04

安装rcpparmadillo,经常会报错,一般请加载新的gcc变量和library就可以了。

05

一些常用的r软件包,为了加快r软件包安装,可以选择中国大学的镜像:

options(bioc_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/",repos=structure(c(cran="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/cran/")))

source("http://www.bioconductor.org/bioclite.r")

bioclite("geomnet")

bioclite("ggnetwork")

bioclite("viper")

bioclite("clusterprofiler")

bioclite("netgenerator")

bioclite("pscbs", "cghflasso")

bioclite("sradb")

bioclite("bsseq")

bioclite("expands")

bioclite("vsn")

bioclite("topgo")

bioclite("sna")

bioclite("networkd3")

bioclite("lme4")

bioclite("pathview")

bioclite("reportingtools")

bioclite("spia")

bioclite("complexheatmap")

bioclite("safe")

bioclite("biocgraph")

bioclite("deseq2")

bioclite("multtest")

bioclite("edger")

bioclite("deseq")

bioclite("ggtree")

bioclite("shortread")

bioclite("gsva")

bioclite("gage")

bioclite("qvalue")

install.packages("getopt")

install.packages("phangorn")

install.packages("xlsx")

install.packages("ggmap")

install.packages("knitr")

install.packages("ape")

install.packages("shiny")

install.packages("reshape2")

install.packages("data.table")

install.packages("gap")

install.packages("pheatmap")

install.packages("corrplot")

install.packages("lattice")

install.packages("ggplot2")

install.packages("r.utils")

install.packages("pca3d")

install.packages("mvpart_1.6-2.tar",repos = null, type = "source")#该软件需要下载本地安装

06

其他参考链接:

https://awesome-r.com

07

常见问题

1、安装r软包出错

error: a 'namespace' file is required

解决办法

#解压

tar -xzf trimcluster_0.1-1.tar.gz

#写入namespace

cdtrimcluster

echo 'exportpattern( "." )' > namespace

cd ..

#打包

tar -zcf trimcluster.tar.gz trimcluster

#再次安装

r cmd install trimcluster.tar.gz

2、安装r包遇到错误

error : . failed in loadnamespace() for 'rjava', details:

error: unable to load shared object '/home/fanyucai/software/r/r-v3.2.0/lib64/r/library/rjava/libs/rjava.so':

解决办法

export ld_library_path=/home/fanyucai/software/java/jdk1.8.0_144/jre/lib/amd64/:/home/fanyucai/software/java/jdk1.8.0_144/jre/lib/amd64/server/:$ld_library_path

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