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trinity——无参转录组一条龙服务

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浏览:- 发布日期:2017-08-11 10:49:15【 】

trinity,很多行内人都认识它,不知不觉中,它已经成为了无参转录组组装的代名词。

你用了trinity,而你还在为后续分析,辛辛苦苦的敲键盘吗?那你可就out了!

今天就让小编来给你补补trinity:

1、评估trinity组装结果,并计算raw count、fpkm:

run_rsem_align_n_estimate.pl

eg:

$trinity_home/util/rsem_util/run_rsem_align_n_estimate.pl --trans trinity.fasta

--seqtype fq --left left.reads.fq --right right.reads.fq

output:

rsem.isoforms.results

rsem.genes.results

这个程序直接对trinity组装后,比对的结果进行统计,统计raw count和fpkm值。

2、整合个样品的raw count、fpkm:

$trinity_home/util/rsem_util/merge_rsem_frag_counts_single_table.pl samplea.rsem.isoform.results sampleb.rsem.isoform.results ... > trans.counts.matrix

eg:

$trinity_home/util/rsem_util/merge_rsem_frag_counts_single_table.pl samplea.rsem.gene.results sampleb.rsem.gene.results ... > genes.counts.matrix

此程序用于merge所有样品的raw count和fpkm值,整合成degseq等软件可以直接读取的文件格式。

3、差异基因分析:

$trinity_home/analysis/differentialexpression/run_de_analysis.pl

eg:

$trinity_home/analysis/differentialexpression/run_de_analysis.pl --matrix sp2.rnaseq.counts.matrix --method edger --samples_file samples_described.txt

支持edger|deseq两种主流差异基因分析的选择。在运用时可以直接指定方式,生成差异基因列表。

4、差异基因聚类:

$trinity_home/analysis/differentialexpression/analyze_diff_expr.pl

eg:

$trinity_home/analysis/differentialexpression/analyze_diff_expr.pl --matrix matrix.tmm_normalized.fpkm -p 1e-3 -c 2

此程序用于做热图,做出来的图,如上所示。对于一些个性化的要求,还有参数可以更改。

5、基因聚类:

$trinity_home/analysis/differentialexpression/define_clusters_by_cutting_tree.pl

eg:$trinity_home/analysis/differentialexpression/define_clusters_by_cutting_tree.pl --ptree $percent_tree_height

此程序是笔者认为最亮的部分,目前有很多人关注基因表达的聚类分析,但是一些软件并不能生成pdf格式的矢量图,而此程序很好的解决了这个大问题。

如何?trinity已经从组装到差异分析,再到基因聚类,打通所有经脉,等我们去研究了!

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