search
技术服务021-34781616

欧易生物

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置凯发k8凯发k8网址官网下载首页 » 新闻资讯 » 技术&解读&应用 » ucsc:生物网站中的超级航母

ucsc:生物网站中的超级航母

来源: 查看手机网址
扫一扫!扫一扫!
浏览:- 发布日期:2017-06-14 10:32:42【 】

先上网址:http://genome.ucsc.edu/,下图中展示的3个工具是小编用的最多的。

1. genome browser

从字面意思来看就是“基因组浏览器”,查询的自然是与基因组信息相关的内容。

? 点击“genome browser”后出现如下界面,可以选择物种信息、版本、待查询的内容。

不同的项目采用的基因组版本会有所不同,比如在芯片项目中,hsa一般采用的是hg19版本,而在项目中一般采用的是hg38版本。在版本选择上需要根据实际情况来选择。

?查询结果如下,这里面可是包含了海量的信息啊!

?在“检索窗口”部分,可以移动序列位置,调整展示的序列范围等。同时还展示出了所查询的序列在整个染色体上的相对位置等。

?“结果展示窗口”便是主要的查询结果了。包括不同数据库来源的序列信息,snp信息等。每一个记录都可以点击进去查看详细的信息。

? 在“信息窗口”,可以根据自己的需要来调整“结果展示窗口”所显示的内容。

2. blat

跟ncbi的blast功能类似,对序列进行比对。

? 选择比对的内容,如dna、rna、蛋白等。

? 可以选择比对结果的优先级顺序,比如按照score值排序。

? 可以输入序列,或者上传fasta格式的序列文件。需要注意的是blat对序列的大小有要求。一次不能查过25个序列或者总的序列大小不能查过50kb。

? 比对结果中包含了比对率,染色体位置,score值等。

? 针对每一条比对结果,点击“browser”可以查看比对序列在“genome browser”上的相关信息;

? 点击“details”可以查看比对序列在染色体上的具体序列分布情况。

3. table browse

可以查询多个数据库如refseq、ensemble等多个数据库的多种rna的序列信息、注释信息等。

? 物种和版本的选择想必大家都了解,无需多言。ucsc中可查询的物种有近60种。

?“track”部分基本囊括了目前主流数据库,这样就可以方便快捷地在同一网站内查询多个数据库的信息了。

? 在“output format”中可以选择输出的内容,包括序列信息、bed文件、cds等。

ucsc的每一个工具里都包含了很多的信息,在这里小编只是对常用的3个工具做了简单介绍,感兴趣的老师可以试试看哦,绝对会有惊喜的!



推荐阅读

【本文标签】:
【责任编辑】:欧易生物凯发k8官网下载的版权所有:http://www.oebiotech.com转载请注明出处

欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
 网站地图  凯发k8官网下载 copyright © 2016 凯发k8官网下载 保留所有权利