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显微切割组织的比较蛋白组分析发现膀胱癌的新分子标志物

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浏览:- 发布日期:2017-12-08 16:03:51【 】

基本信息

材料:人肿瘤组织主要技术:itraq

期刊:mol cell proteomics

影响因子:6.5399

文章摘要

全球每年有超过380000位患者被确诊为膀胱癌新发病例,其中因膀胱癌死亡的人数约为150200。

为了发现膀胱癌的潜在生物标志物,我们使用激光显微切割技术、itraq标记和lc-ms-ms分析相结合的方法来探究膀胱癌标本中的蛋白质变化。从四对手术切除的原发性膀胱癌组织和癌旁组织中提取蛋白用于itraq实验,共定性出3220个蛋白质。采用david数据库对差异表达进行分析表明,排名最靠前的三个生物过程是细胞外基质组织、细胞外结构组织和氧化还原。癌组织中包括有机物响应、无机金属离子响应、无机物响应在内的生物过程中对应的蛋白出现显著上调。

我们共筛选出七个差异表达蛋白质作为潜在的膀胱癌生物标志物,并通过实验进一步验证。免疫组学分析显示,与非肿瘤膀胱上皮细胞相比,肿瘤细胞中三个蛋白slc3a2、stmn1和tagln2的含量严重超标,并预示着tagln2很有可能是一个有效的肿瘤组织诊断标志物,可用于评估膀胱癌患者的淋巴结转移情况 (auc=0.999)。elisa结果也显示膀胱癌组织的stmn1和tagln2水平显著增加。

我们的研究结果强调了膀胱组织蛋白质组学研究的意义,并为尿路上皮癌中潜在生物标志物的进一步验证提供了很有价值的信息。

方法流程

小鹿点评

本文是以itraq定量标记技术为核心,结合wb等其它实验手段进行疾病标志物筛选与深入验证的经典案例。本实验中所使用的样品为显微切割样品,虽然能保证样品的特异性,但蛋白含量少。而itraq技术高灵敏度的优势弥补了这个缺陷。另外,在深入验证方面,本文也做的较为细致。一方面表现为技术手段较多(elisa、wb、ihc);另外一方面,验证样品不局限于组学实验的组织样品,而是拓展到了尿液。

文献来源

chen c, et al., comparative tissue proteomics of microdissected specimens reveals novel candidate biomarkers of bladder cancer. 2015, mol cell proteomics.

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