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想要快速定位突变基因吗?来来来

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浏览:- 发布日期:2016-12-07 10:29:32【 】

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11月3日nature protocols在线发表了一篇文章,提出了一个利用mbs策略快速鉴定番茄突变基因的简便protocol。小编今天就用这个绝佳的例子为大家展示一下mbs的效果。

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nature protocols-番茄快速ems突变基因定位

ems(ethyl methane sulfonate)诱导突变是育种研究和功能基因研究的利器,然而直到现在,对特定表型相关突变的鉴定仍然是一个非常漫长的任务,许多实验室条件有限,无法负担这样的研究。这篇文章描述了一个简单的protocol,使用mbs策略鉴定番茄中的突变。

首先,通过筛选在微型栽培品种micro-tom中产生的ems突变体集合来分离表现出特定表型的植株。然后通过使突变体(mt,诱变的)与野生型(wt,未诱变的)基因型杂交产生重组f2群体,随后合并表现出相同表型的f2植株(我们称作“混池”)。最后,通过全基因组和混池中等位基因分布的分析来鉴定突变基因。整个过程——从分离番茄突变体到鉴定致病突变——只需要6-12个月。该protocol克服了以前这类研究中的许多限制,使用简单,并且可以应用于在植物培养和基因分型方面条件有限的的大多数实验室。

an overview of the experimental design of forward genetics screening and detection of causal mutation bymapping-by-sequencing in tomato.

看了上面的流程示意图,是不是非常清晰明了?对数据的分析也是一点都不繁复。

two-step bioinformatics pipeline foranalysis of whole-genome sequencing data.

文中以番茄ems诱变为例,用这个protocol做了一次突变基因的快速定位,下面就是mbs定位结果的示意图。

mapping-by-sequencing of micro-tom ems mutants.

文中还结合代谢组对关键基因进行了进一步的分析。

mutation in the phytoene synthase gene psy1 affects fruit metabolism.

natureprotocols的文章当然是非常详细的,小编在这里只是向大家展示一下mbs可以达到的效果,想要了解文章详细内容的小伙伴建议还是好好拜读一下原文,这个protocol当中照例也有许多小细节需要注意,大家认真看完原文会有很多收获的。

参考文献

garcia, virginie, et al. "rapid identification of causal mutations in tomato ems populations via mapping-by-sequencing." natureprotocols11.12 (2016): 2401-2418.

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