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【易文献】大闸蟹如何分公母?简化基因组测序2b-rad告诉你

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浏览:- 发布日期:2016-01-25 17:08:00【 】

文章简介

中华绒螯蟹是我国重要的水产品种之一,分类地位上属于甲壳纲十足目。传统依赖于细胞生物学的研究认为十足目动物(如虾、蟹)性别决定系统为xy-xx型,但近些年也有文章对这一结论提出质疑。中国科学院海洋研究所崔朝霞研究员课题组,采用欧易生物提供的基因组测序2b-rad技术进行了高密度遗传图谱的构建。qtl定位和gwas分析表明中华绒鳌蟹性别决定机制为zw-zz型,lg60推测为w染色体。

该文章于2015年4月发表在heredity期刊(if:3.804)。

研究策略

1)实验材料:f1家系120个个体

2)文库构建:按照2b-rad文库构建流程,对亲本采用标准5’-nnn-3’接头进行文库构建;对子代个体采用选择性接头5’-nng-3’和5’-nnc-3’进行文库构建。

3)测序策略:亲本标签数41万,平均深度59x;子代平均标签数24万,平均深度25-42x。

4)数据分析:利用jpinmap4.0进行遗传图谱构建;利用mapqtl5.0进行qtl分析;利用gwaf进行gwas分析。

研究结果

1)雌性图谱共包含5,655个标记,标记平均间隔0.77cm;雄性图谱共包含5,606个标记,标记平均间隔0.79cm。整合图谱上共包含10,358个标记,标记平均间隔0.49cm,覆盖度约为98.5%,重组率为~3.09cm/mb。

2)qtl分析将性别相关qtl定位到lg60上15.15cm区间,这一区间包含69个标记。

3)gwas分析在lg60上定位到46个与性别相关的标记,并且这些标记全部在母本中分离,符合zw-zz型性别决定的模式。

4)利用转录组数据对标记进行注释,其中基因ankyrin-2位于lg60上,它在发育早期各个时期都有表达,但在z1、j3f、j3m期表达量显著上升。推测这一基因可能在中华绒鳌蟹的性别决定过程中起作用。

参考文献

cui z, hui m, liu y, et al.high-density linkage mapping aided by transcriptomics documents zw sexdetermination system in the chinese mitten crab eriocheir sinensis. heredity,2015, doi: 10.1038/hdy.2015.26


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