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最好用的lncrna查询数据库分享

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浏览:- 发布日期:2016-10-10 08:53:02【 】

lncrna自从发现至今,相关研究如火如荼。欧易生物也给很多科研工作者提供lncrna和芯片检测的服务工作。但检测后,很多老师反馈,lncrna序列等相关信息查询非常困难,忆秋就此整理一套lncrna常用、好用的数据库,供各位看官参考。

1.lncipedia

该数据库针对人进行lncrna数据的收集、整理,共收入111,685条人类有注释的lncrna转录本,同时还包含ncrna转录本在基因组位置、长度、结构、mirna结合、lncrna在其他数据库中相关记录等信息。使用者可以在该数据库中录入、搜索和下载lncrna相关信息,最近更新时间为201510月。

链接:http://www.lncipedia.org/db

研究者可以根据以上筛选条件进行lncrna限定条件搜索,查询关注lncrna信息。

ps:该数据中lncrna名称有些特别,例如lnc-abcb4-1:8,表示距离基因abcb4最近的第1个lncrna的第8个转录本。

2.lncrnadb

该数据库提供有生物学功能的长链非编码rna的全面注释。这是长链非编码rna研究领域的大牛johnmattick实验室构建的网站,只收入真核生物的lncrna信息,主要包含lncrna的序列特性、表达信息、功能、物种保守性、与其相互作用rna分子等信息。使用者可以在该数据库中搜索和下载lncrna相关信息,最近更新时间为2015年11月。

链接:http://www.lncrnadb.org/

该数据库允许利用lncrna的name和sequence进行查询,并可对物种进行限制。同时此数据库使用的是ncbi的gene命名法,使用上完全没有障碍的。

3.lncrnome

该数据库是针对人类构建的,收入了超过18,000条转录本,主要提供lncrna的分类、染色体位置、二级结构、与其他数据库相关联信息、生物功能描述、与疾病关联的数据,同时提供lncrna与protein互作功能预测、snp位点等信息。

链接:

该数据库可根据lncrna的name进行查询,也可根据染色体编号或lncrna类型进行查阅。lncrna名字接受rp11-xxxx类型,也有has-lncxxxx类型的,某些研究较多的lncrna,也可以用常用的name搜索,例如hotair。

4.lncrnadisease

该数据库由北京大学构建,主要收入了已研究与疾病相关的1564个lncrna数据,同时也可对新的lncrna进行与疾病关联预测,支持上传、浏览、搜索和数据下载。最近更新时间为2015年6月。

链接:http://210.73.221.6/lncrnadisease

无论是浏览还是搜索,都可以分别从lncrna和disease两方面入手。

5.noncode

该数据库是一个比较全面的ncrna相关注释的数据库,目前收入了16个物种(人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩)的ncrna相关信息,包括表达、功能、与疾病关系、染色体位置、序列保守性等,并可进行序列blast搜索,同时支持数据下载。

链接:http://www.noncode.org

该数据库支持常用lncrna的name、noncode id(例如:nonhsag000001)搜索,部分lncrna支持其他数据库名字进行搜索。

ps:该数据库虽然功能比较强大,但是偶尔会出现bug,暂时不可用现象。

除上述比较常用的数据库外,还有nred、plncdb等lncrna数据库,功能与上述几个相差不大,小编认为精通几个功能强大的足矣!大家不妨试试看吧

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