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干货必知:人类疾病相关mirna数据库mir2disease

2017-03-20 10:12:25 

有些研究者往往有以下疑问

1. 怎么样更加高效而又有针对性的挑选microrna进行验证?

2. 已挑选的mirna以及往下做的验证方向,是否已有有力的证据可以支持?

3. microrna可能会和哪些疾病相关?

下面小编为大家推荐一个简单好用的网站,让各位看客自己就可以动手操作。

mir2disease,一个手工打造的数据库,旨在提供一个全面的microrna对应各种人类疾病的资源。其中的每个条目包含mirna-disease关系的详细信息,包括microrna的id、疾病名称、mirna-disease关系的简要描述、microrna在不同疾病状态的表达模式、microrna的表达检测方法、通过实验验证microrna的目标基因和参考文献。

好了,废话不多说,直接进入主题:

?第一步:在浏览器中打开网页,如下图:

?第二步:点击上图中红色方框里面的search按钮,成下图状态,其中提供了3中检索方式,通过mirna的id名或疾病名称或靶基因的名称。

?第三步:点击上图红色方框中的任意一个(前提是你自己想要的),一般我们测序得到的是mirna的id,我们就以search by mirna id为例。

?第四步:输入一个你关心的mirna的id号,如hsa-mir-122a,然后点击search键,结果就会呈现在眼前,如下图。

学会了以上4步就基本会自己动手操作,对,就是这么简单,学到这里现在是不是很有成就感?但问题还在后面......

问题一:有些mirna的id并没相应的疾病信息,就会显示第3步的结果,那怎么知道哪些mirna的id是有疾病信息的呢?

这时在第3步的时候不输入mirna的id信息,直接点击search键,就会有你想要的结果。

这里mirna得id都有相关的注释,选择那个你想要的,然后点击search selected mirna(s)键就ok啦!

问题二:得到的结果怎么下载下来呢?这里的结果没有下载的按钮,小编也是找了n久也没找到,那该怎么办呢?

有人可能会想到手抄记录(如果你不嫌麻烦的话),这个当然可以。还有个好方法就是通过下载mir2disease base的数据库,点击download键,然后下载all entries(txt)文件,然后利用linux操作系统来筛选。

好啦!问题暂且就说到这里,如果你在使用过程中遇到什么问题,欢迎一起来探讨。

温馨提示:如果各位老师是在做的smallrna测序(物种:人),我们会免费给您提供该数据库注释分析。

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