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pubmed按影响因子筛选文献

2017-02-20 14:52:03 


ncbi旗下的pubmed文献服对我们广大科研狗来说是极其重要的资源。虽说pubmed的功能已经比较完善,搜索栏也支持高级检索,但仍有一个痛点没有替我们解决掉:按影响因子分类显示文献。虽说if有日薄西山的趋势,但目前仍是权威的期刊质量参考标准。小编今天就为大家带来一篇教程,介绍如何自定义pubmed过滤器,创建自己的if过滤条件。



效果预览

不同于平常的pubmed搜索结果页面,小编设置好filter再进行搜索,出来的页面是下面这样的:

这里请大家注意了,红色框内就是过滤器了,“free full text”和“review”是pubmed自带的默认filter,接着下面“if>=9”、“if>=5”、“if>=10”三个filter就是小编自定义的过滤器,定义了不同的影响因子范围。唔,有同学问那个蓝框内是什么东东?为什么我们没有显示这个?小编在这里说明一下,蓝框内是chrome浏览器插件”医学文献助手“的效果,如果大家普遍反馈需要介绍,小编会考虑为这个插件写个短文。

ok,现在我们想看影响因子大于10的文章,那么就点击“if>=10”这个filter,效果如下:

图中可以看到,经过filter条件的筛选,查询结果已经减少到366条,并且都是高分文章。

这时候大家可以放心挑选感兴趣的文章,保证都是高分??


自制filter

其实达到上面的效果非常简单,请按小编教程一步步来。


注册账号

首先,我们要能够保存自己的filter设置,需要在pubmed有自己的账号。账号注册过程非常简单,小编自己是用google账号登陆的。


manage filters

登陆了账号之后,点击右上角的“my ncbi”就可以进入管理。

然后找到如下图红框所示的“filters”:

点击“manage filters”就能进入过滤器管理:

图中就是filters的管理界面。左边是自定义区域,右边是内置筛选条件的搜索和启用/关闭管理。

如上图所示,小编已经建立了几个自定义filters,filter list每个条目前面打钩的,就是激活使用的,不用的取消勾选即可。

这里先不着急create custom filter,我们需要先建立好过滤条件。

if过滤配置文件

我们需要告诉pubmed哪些文章点数高,这样才能建立过滤条件,if过滤配置文件就是用来告诉pubmed规则的。


获取if信息

这里就不让大家自己去找了,小编直接为大家提供journal-impact-factor_2016的下载链接:(微云)。

if点数筛选

打开“journal-impact-factor_2016.xlsx”文件:

将“journal impact factor”一列按从大到小排序(默认已经从大到小)。


定义if筛选参数

如果需要if大于10的文章,则:

  1. 在if表中将if大于10的期刊名称全部选中

  2. 复制

    此处仅复制期刊名这一列,将if点数大于10的全部复制

  3. 新建一个word文件

  4. 在word中无格式粘贴

  5. 全选(ctrl+a)

  6. 替换(ctrl+h)

    按照下图所示:

    将换行符(以^p表示,相信大家都能在键盘上找到这个乘方符号)替换为" [journal] or ",切记使用英文输入法,标点符号全是英文,三个空格一个也不能少。

  7. 在开头添加一个英文的引号

  8. 删掉末尾的[ or "](中括号内是需要去掉的,or前面有一个空格,需要删掉),效果如下

    问题排查:如果设置好后出现点击filter没效果的问题,建议看看配置参数中是不是缺失空格或者符号不是英文。

  9. 将处理好的配置参数添加到pubmed,见下文。


向pubmed添加filter配置

这时候就可以点击“create custom filter”按钮了。点击后界面如下:

在“query terms”文本框内无格式粘贴word中处理好的内容,在“save filter as:”文本框内填写对该过滤条件的命名,例如“if>=10”。然后在新添加的filter条目前面打钩,就激活该条件了,此时回到pubmed进行搜索,就可以使用自定义的筛选条件了。

在添加filter的时候,根据每个人所处的不同网络环境。每次点击之后可能都需要耐心等候,尤其是添加的配置参数较多时。


实战

教程已经提供给大家,对于懒得动脑的伸手党,小编这里也准备好了自用的几个filter文件,分享给大家自己添加一下就好:(微云)。

至于不止要鱼还要渔的同学,小编斗胆布置个作业:试着自己添加个if大于20或if大于30的过滤器吧!

文中链接如果失效,记得来公众号提醒小编续期哈~


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