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【微生物专题】——its/18s测序之 - funguild功能分类看了你就会

2017-07-12 09:21:06 

小伙伴们大家好,非常高兴与大家认识,希望以后能与大家成为好朋友。

对了,告诉大家我叫conocybe apala,翻译成中文是乳白锥盖伞,你可以叫我阿白(我更喜欢)。

我听到了,你们很想看看我玉树临风的身姿(哈哈哈),上面就是我的照片~

是不是很帅!(这只是我多种形态的一种)

好了,正如大家了解的,我是锥盖伞家的属于真菌这个大家族。但是你们不知道的是我还有另外一个身份——我是生态系统公司fungi功能部的小职员一枚,由于部门业务繁杂所以有很多组,主要有3个大组:病理营养型,共生营养型,腐生营养型;大组下设12个小组和3个特殊小组:动物病原菌、丛枝菌根真菌、外生菌根真菌、杜鹃花类菌根真菌、叶内生真菌、地衣寄生真菌、地衣共生真菌、菌寄生真菌、植物病原菌、未定义根内生真菌、未定义腐生真菌、木质腐生真菌。3个特殊小组:yeastfacultative yeastthallus

大家一定很想知道我在哪个组喽,我就在腐生营养型大组未定义腐生真菌小组,我的日常工作就是将枯萎的植物分解成无机物氮,磷等,植物们都很喜欢我(人见人爱,花见花开)。

大家“四不四”还有很多疑惑呢,阿白马上解释一下这么分组的原因。

“功能分组”(functional group),其概念早在1902年就被提出,指某些物种无论其系统进化上是否相关,只要它们在对环境资源的吸收利用上采取相似的方式而被划分为同一类,这一类群即被称之为一个guild。

guild概念之所以吸引生态学家有很多原因,特别是因为其可以从复杂群落分类中提取出更易处理和理解的生态单位,因为关注营养策略,所以还可以提供相比于物种丰富度和分类鉴定而不同的视角。另外,划分guild可以比较没有物种重叠的不同群落。

大家明白了!?

部门人员众多,就不介绍了,想要知道每个人都干什么活(功能)可参考使用funguild软件,它可以将我们的名字与功能对应起来,而且简单好用。终于进入今天的干货时间了。

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“funguild”= “fungi” +“functional” + “guild”

大体流程

目前guild的分类:三大类(十二亚类和三种形态特殊的真菌),随着研究的深入分组会越来越多。

2

在线分析网址:http://www.stbates.org/guilds/app.php由两部分组成,在线数据库和python脚本,从而将物种otu与功能联系在一起。数据库是由otu注释信息与guild功能注释信息组成,guild预测基于种或者是属,目前数据库收录有11000多种真菌。

将需要的文件上传,点击“begin analysis”,很快(速度是嗖嗖滴)就出结果了。

2.1

好嘞,摩拳擦掌准备上,我们需要准备input_file,格式如下:

包含otu_id、样本名字、otu注释信息taxonomy(划重点)。

2.2

结果文件长成啥样?阿白这就告诉你。

output_file,除了包含otutable所有列外,还有taxon(用于比对数据库的level)、taxon level(以数字代表正确的分类单元)、trophic mode(功能三大类)、guild(功能亚类)、confidence ranking(可靠度三种)、growth morphology(三种形态特殊的真菌)、trait、notes、citation/source(功能分类论文出处)。

你看就长成这个样子!

2.3

根据上面的表格,我们就可以做图了,对trophic mode(功能三大类)或者guild(功能亚类)做柱状图等等,下面是阿白展示的guild(功能亚类)柱状图。

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