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最全circrna数据库资源汇总

2016-10-10 08:44:10 

环状rna(circular rna, circrna)是一类存在几乎所有生物中的环形的rna分子。目前,已经在人等模式生物中已经鉴定了成千上万的circrna。研究发现,circrna能够成为mirna或rna结合蛋白的海绵分子,可能在生理和疾病过程中发挥重要的功能。随着对circrna研究的越来越多,已知的circrna数据信息在快速增长,在这里我们整理了当前circrna相关的数据库列表,希望对大家的研究有所帮助。

1.circbase[1],是一个通过收集和整合已经发布的circrna数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circrna信息:人(hg19)、小鼠(mm9)、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)、矛尾鱼(latcha1)、腔棘鱼(latcha1)。该数据库最新版本发布时间为20141月。网址:http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circbase支持的circrna id号或基因组区域位置信息,可以快速查询相关circrna信息;研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置,筛选自己所需要的circrna数据。

2.circrnabase[2], 该数据库通过整合已发表的circrna数据,构建mirna与circrna以及circrna与rna结合蛋白(rbp)的互作网络。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://starbase.sysu.edu.cn/mircircrna.php

3.circ2traits[3],是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circrna数据库。该数据库通过预测mirnas和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状rna间的相互作用关系,构建了相互作用网络, 并对mirnas-circrna相互作用组中的蛋白编码基因进行了go富集分析;此外,将与疾病相关的snps位点定位到circrna基因座上,并鉴定了环状rnas上的ago相互作用位点。最新版本发布时间:2013年12月 。网址:http://gyanxet-beta.com/circdb/

4.circnet[4],利用464个rna-seq测序数据,进行新circrna预测及基因组注释,并计算已知的及新预测的circrna表达情况,构建circrna-mirna-genet调控网络,以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间:2015年12月 。网址:http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

5.deepbase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circrna基因(人、鼠、果蝇、线虫等),并构建了最全面的circrna的表达图谱。最新版本发布时间:2015年10月 网址:http://deepbase.sysu.edu.cn/

6.circinteractome[6]该数据库预测了已知的109个rna结合蛋白数据集与circbase中的circrna的结合位点,并利用targetscan软件预测了mirnas与circrna的潜在结合位点。最新版本发布时间:2015年12月网址:http://circinteractome.nia.nih.gov/

今天关于circrna数据库的介绍就到这里,欢迎大家继续关注欧易生物,关注后续生物信息学相关知识介绍,谢谢!

参考文献:

1. glazar, p., p. papavasileiou, andn. rajewsky, circbase: a database forcircular rnas. rna, 2014. 20(11):p. 1666-70.

2. li, j.h., etal., starbase v2.0: decoding mirna-cerna,mirna-ncrna and protein-rna interaction networks from large-scale clip-seqdata. nucleic acids res, 2014. 42(databaseissue): p. d92-7.

3. ghosal, s., etal., circ2traits: a comprehensivedatabase for circular rna potentially associated with disease and traits.front genet, 2013. 4: p. 283.

4. liu, y.c., etal., circnet: a database of circular rnasderived from tranome sequencing data. nucleic acids res, 2016. 44(d1): p. d209-15.

5. zheng, l.l., etal., deepbase v2.0: identification,expression, evolution and function of small rnas, lncrnas and circular rnasfrom deep-sequencing data. nucleic acids res, 2016. 44(d1): p. d196-202.

6. dudekula, d.b.,et al., circinteractome: a web tool forexploring circular rnas and their interacting proteins and micrornas. rnabiol, 2016. 13(1): p. 34-42.

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