search
技术服务021-34781616

欧易生物

热门搜索关键词:转录组基因组甲基化酵母文库蛋白芯片

021-34781616

当前位置:凯发k8凯发k8网址官网下载首页 » 生物信息学分析 » cerna分析项目
cerna分析项目
cerna(competing endogenous rna,竞争性内源rna)能与其它rna转录本竞争相同的microrna,从而实现相互间的交流与调节,包括蛋白编码基因、假基因和长链非编码rna。
cerna假说是基于近期一系列关于rna转录本之间相互对话的研究而提出的。microrna是长短约22nt的短链rna,能够通过抑制目的基因的翻译或降解目的基因,从而反向调节目的基因的表达。cerna假说认为cerna通过与mrna竞争相同的microrna反应元件(mres)从而调节转录本的表达。不管是否编码蛋白,对于rna转录本来说,彼此都能竞争与microrna的结合,互相调节,从而构成庞大的cerna网络(cernets)。
用途
利用芯片数据,lncrna/芯片数据,结合靶基因预测软件
寻找mrna与lncrna共同靶向的,构建cerna网络
前置分析条件
需要提供表达数据,lncrna/表达数据,mrna表达数据
需要提供对应的mirna,lncrna/, mrna的序列
样本量不能少于6个
分析结果
·  _target
·  correlation;
·  mirna_target –filtered
·  cerna_score
·  cerna_score-filtered
·  cerna_network
demo示例

1

demo结果解读
图中展示了mrna与lncrna共同调控的mirna,其中红色点对应mrna,
绿色点对应lncrna,蓝色点对应mirna,点的大小表示与周边联系的多少
案例展示
案例一  鉴别肺结核中的表达特征及构建cerna调控网络
研究背景
肺结核(ptb)是由结核杆菌引起的慢性疾病,对人类健康构成严重威胁。circrna被认为在许多疾病的发病机理和发展过程中具有潜在的调控作用,然而,ptb中circrna的表达模式和调控机理仍有待于研究。
研究内容与结果
苏州大学生物与基础医学学院老师采集3例肺结核患者和3个正常人的全血样品进行全转录组,筛选发现170个circrna的表达量发生了显著性变化。作者阐明了肺结核中circrna的表达特征,go和kegg功能分析发现,一些免疫通路如mapk信号传导通路、癌症中的内吞作用通路出现富集。构建了肺结核中circrna的cerna调控网络。

23

                技术路线                                                              cerna调控网络

参考文献

zhang x, zhu m, yang r, et al. identification and comparison of novel circular rnas with associated co-expression and competing endogenous rna networks in pulmonary tuberculosis. oncotarget.2017, 8(69):113571-113582. (if: 5.168)



欧易生物

技术热线:021-34781616 咨询热线:4006-4008-26

上海市闵行区新骏环路138号5幢3层
service@oebiotech.com
欧易生物
欧易生物微信公众号
 网站地图  凯发k8官网下载 copyright © 2016 凯发k8官网下载 保留所有权利