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甲基化芯片
甲基化是基因组 dna 的一种主要的表观遗传修饰形式,与人类的癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关。illumina 甲基化芯片是有效的甲基化高通量筛选技术,可捕捉到单个碱基的甲基化变化。该芯片不仅实现基因区域和 cpg 岛的全 面覆盖,还包括 cpg 岛之外的甲基化位点、在人类干细胞中鉴定出了非 cpg 甲基化位点、mirna 启动子区域、以及肿瘤和正常组织中差异表达的甲基化位点等。
技术特点
可直接准确检测到发生甲基化的位点,而非发生甲基化的区段
技术重现性为 98%
配套的甲基化专业分析软件 genomestudio methylation software,便于科研工作者个性化分析
一体化工作平台,无需 pcr,最低上样量为 250 ng
每张芯片可平行进行 8 个样本的检测
可检测 ffpe 样本
案例展示
案例一  利用甲基化芯片鉴别不同细胞来源的鳞状细胞癌亚型
研究背景
皮肤鳞状细胞癌(cscc)是较为常见的皮肤癌。cscc 通常从 uv 诱导的癌前病变光化性角化病(ak)发展而来。虽然利用rnaseq 等技术研究此类癌前病变的报道较多,但 ak 的病因学及其向 cscc 的进展仍未得以充分阐明。
研究内容
文章利用 methlationepic 甲基化芯片,对 ak、cscc 和健康对照样品进行甲基化水平的检测。结果显示一部分 ak 样品中甲基化模式与 cscc 高度相似,呈现出典型的肿瘤甲基化特性;而另一部分 ak 样品与健康对照样品甲基化模式类似。这一结果表明 ak 和 cscc 存在两种亚型,并分别起源于不同的角质形成细胞分化阶段。

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研究结果
1. 利用 methlationepic 甲基化芯片对 16 例 ak、18 例 cscc、12 例健康对照样品进行检测,散点图显示 ak与cscc 样品的 aberrant methylation pattern 具有相似性。
2. 肿瘤甲基化组具有特定的特征,包括核纤层关联域(lads)低甲基化、cpg 岛高甲基化。对 ak 和 cscc 样品的甲基化位点统计发现,癌前样品 ak 已经具有了肿瘤的甲基化组特征。
3. ak 和 cscc 样品的甲基化组还具有高的 non-cpg 甲基化水平,表明两类样品具有干细胞甲基化组的特征。
4. 针对角蛋白基因簇差异甲基化分析显示,在 ak 和 cscc 样品中存在两种不同的角蛋白甲基化模式。
5. 根据 methylationepic 芯片中的增强子区域探针的甲基化水平进行聚类分析,结果显示 ak 和 cscc 样品各自可以划分为两个大类:一类与角质形成细胞密切相关,一类与胚胎干细胞相关。这一结果表明 ak/cscc 的两个亚型分别起源于不同的细胞类型。
参考文献
rodríguez-paredes m, bormann f, raddatz g, et al. methylation profiling identifies two subclasses of squamous cell carcinoma related to distinctcells of origin. nat commun 2018; 9(1): 577. (if: 12.353)


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