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lc-msms和非标记定量
液相色谱(lc)根据不同蛋白(肽段)在流动相和固定相之间分配系数的差异而进行分离,液相色谱特别是多维液相色谱(mdlc)与串联质谱联用技术(lc-msms)是蛋白组分离分析的重要工具之一。该技术可以实现对复杂蛋白样品的分离鉴定,在此基础上,通过质谱信号强度可以实现对肽段和蛋白定量,快速找到不同样品间的蛋白表达差异,即非标记定量蛋白组分析。
a.lc-msms混合蛋白鉴定及靶向蛋白组分析
分辨能力高、数据丰富
适用于复杂蛋白样品的分离鉴定分析,
一次可以获得几十、几百甚至几千个蛋白的信息
应用范围广
通过与特异类型蛋白富集及解析技术相结合,
可以很好地实现靶向蛋白组学以及翻译后修饰蛋白组学分析
案例展示
运用lc-ms/ms技术对h7n9核蛋白互作的宿主细胞蛋白组进行分析,
基于组学金豆(omicsbean)系统进行互作蛋白生物信息学分析与病毒侵染复制分子模型构建
参考文献
sun n. et al., proteomics analysis of cellular proteins co-ip with nucleoprotein of influenza a virus (h7n9). 2015, int. j. mol. sci.  
b非标记(label-free)-swath定量蛋白质组
不需要昂贵的标记
直接根据色谱及质谱的峰面积进行蛋白定量,不需要同位素标记,实验耗费低。
样品不受限制,无标记偏差
与标记技术相比,非标记技术对于样品数量无限制,
弥补了标记定量技术在对多个样本进行定量和定性方面的缺陷
以及对于某些不易标记的蛋白/肽段检测效果不好的缺陷
实验要求高
对lc-msms的稳定性和重复性要求较高,需要有足够的技术重复以确证结果,
但该技术目前主要基于一维lc-msms,分离能力有限,
一般适用于细胞器、胞外分泌液及微生物等复杂程度较低的样品
案例二  小立碗藓进行原生质体处理的叶绿体蛋白组响应
实验材料
小立碗藓原丝体和原生质体的叶绿体样品
研究结论
发现219个与原生质体处理相关的差异表达蛋白。
叶绿素ⅱ的生物合成以及相关叶绿体外膜蛋白处理后表达下调。
活性氧(ros)清除相关的功能得到增强。

2

参考文献
igor f. et al., the physcomitrella patens chloroplast proteome changes in response to protoplastation.2016, front plant sci.



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