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微生物基因组测序
利用pacbio读长长、illumina测序准确率高的特点,采用pacbio三代测序数据结合illumina二代测序数据,可以高 效进行微生物基因组的de novo组装。
技术优势
读长超长
平均3-10kb,至高可达30kb以上
直接对单个分子进行测序
有效避免pcr扩增偏好性、gc偏好性,保证序列的均匀覆盖
同步测定碱基修饰
无需处理,直接实现各种碱基修饰的读取,包括4-mc、6-ma、5-mc、5-hmc
微生物基因组测序流程

微生物基因组测序流程-欧易生物

案例展示
案例一  大肠杆菌基因组de novo测序
本研究对大肠杆菌e.coli三个菌株( bl21、bal225、dh5α)分别进行了基因组测序和de novo组装。对三个菌株分别利用pacbio、miseq、iontorrent进行测序和de novo组装,结果表明,pacbio单独组装所获得基因组contig数目较少、n50长度较大;而利用二代和三代测序数据的混合拼接,可以对基因组上的snp实现有效鉴别。并且pacbio rs同步实现了三个菌株基因组5-mc碱基修饰的识别。
参考文献
powers j, weiqman v, shu j,et al. efficient and accurate whole genome assembly and methylome profiling ofe. coli.bmc genomics, 2013;14:675.



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