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当前位置:凯发k8凯发k8网址官网下载首页 » 转录组 » 免疫组库研究 » 免疫组库测序

 背景

免疫组库测序(immune repertoire sequencing,ir-seq)是一种专用于研究淋巴细胞表面受体多样性的方法。ir-seq 以t淋巴细胞或b淋巴细胞为研究目标,通过多重 pcr技术特异性扩增 tcr或bcr的多样性决定区(主要是cdr3区),再结合高通量测序技术,多方面评估免疫系统的多样性,挖掘免疫组库与疾病的关系。
免疫组库测序技术现已逐渐成为免疫研究的新热点,且已应用到临床诊断、辅助治疗、药物研发、健康体检等多个领域。

应用领域


图|免疫组库应用领域


欧易研发

欧易生物与免疫组库研究专家团队密切合作,通过前期大量的实验,现成功设计出人和小鼠tcr和bcr的多重pcr引物,并成功扩增出抗原识别的关键区域cdr3片段;通过高通量测序技术,利用生物信息学方法对高通量测序后的大数据进行分析,成功总结出疾病模型下免疫组学核心算法,相关研究成果已发表在hepatology(if=14.079)等高影响因子杂志。

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技术优势

1.针对免疫数据库imgt包含的tcr和bcr的所有类型设计引物,多方面、准确地检测tcr和bcr的多样性
2. 技术重现性高,两种t细胞按不同比例混合 1:10,1:100,1:1000,1:10000,测序结果统计与实际比例相一致,可以准确地反应细胞间的比例


3. 只需要用二代测序短读长平台hiseq xten即可完成测序,不需要miseq或三代测序,极大地降低了成本
4. 人和小鼠的tcrα链、β链、γ链、δ链以及bcr的轻链、重链均能测序分析
5. 针对不同样品(外周血、组织、分选细胞、pbmc)、不同浓度梯度的细胞数均可建库测序
6. 提供从样品准备、建库、测序、分析等一系列服务


分析内容

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图 | 免疫组库分析流程


主要分析内容包括

测序数据评估与过滤
不同种类v/j基因的数目、频率统计
不同种类v-j组合和v-d-j组合的数目、频率统计
v-j组合的重组位点圈图
v基因、j基因、v-j组合、v-d-j组合的组间差异比较
cdr3氨基酸克隆型的数目、频率、长度统计
基于cdr3氨基酸克隆型频率的样本间相似性评估
cdr3氨基酸克隆型的多样性分析,包括gini、simpson、shannon、rank abundance
cdr3氨基酸克隆型差异表达分析
样本间共有cdr3氨基酸克隆分析


部分分析内容展示


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