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特异位点甲基化检测
a.焦磷酸测序
磷酸测序可在一次检测中快速定量一个或多个甲基化位点,是较为理想的验证方法,
该技术在表观遗传学研究中逐渐成为数据分析的金标准。
于qiagen公司的pyromark q96 id平台,应用焦磷酸测序(pyrosequencing)技术,
不仅能解决常规焦磷酸测序法在非cpg位点胞嘧啶转化为胸腺嘧啶时影响到引物的结合的问题,
也进一步提高了结果的准确性;同时,给予的结果除了能准确定性检测到位点变化情况之外,还能准确地计算频率变化。
焦磷酸测序技术优势
先进的算法设计可优化实验条件,内嵌式的质控保证数据的准确可靠
全程的软件控制减少人为因素的影响
灵敏度高,可测到邻近cpg区域的单个甲基化水平
周期短、通量高,1h内可同时平行分析96个样本,一次运行可实现多个续cpg位点定量分析
对于样品要求低,适用于新鲜、冷冻和ffpe样本
对于检测位点要求低,可检测未知序列信息,覆盖到人类基因组的所有cpg位点
除常规的检测位点变化情况外,还可准确计算频率变化
焦磷酸测序服务内容
对客户提供样本进行dna抽提,并利用nanodrop进行样本质检
根据不同的实验目的,确定合适的检测方法,完成相应的实验
提供包括实验操作流程、原始数据、分析数据在内的详细实验报告
1
焦磷酸测序结果展示
2
b.sequenom检测

通过高通量甲基化检测手段筛选到目标位点后,需要对目标位点进行验证,

可采用特异位点甲基化检测技术,比较常见和有效的除了焦磷酸测序之外,还有sequenom检测。

c.特异位点甲基化检测技术比较

表格

常见问题

1. 如何判断选择哪种技术检测特异性位点的甲基化情况?
选择哪种技术是和实验本身直接相关的,目标序列的长度、检测达到的精度、样本的数目等都是选择技术前需要考虑的问题。
2. 想用焦磷酸测序来检测甲基化,但目标序列有几百bp,怎么办?
如果是想检测目标序列中的所有cpg位点的甲基化水平,可以将目标序列拆分成几个反应进行;如果着重关注某几个目标位点,可以只针对目标位点周围设计引物检测,没有必要对整段序列进行测序

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