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调控网络分析
基于各种调控关系(mirna-mrna,mirna-go,mirna-kegg,mrna-go,mrna-kegg, lncrna-mrna, tf-mrna, string ppi network等)构建对应调控网络图,挖掘网络中的调控关系,获取核心因子。
用途
展示各种调控关系网络,挖掘核心调控分子
1.string调控网络
demo 示例

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demo 结果解读
上图展示了基于string数据库的关系对重新绘图的结果,其中红色表示上调,绿色表示下调,点的大小表示与周边的联系多少,实线表示有实验证据支持这两个基因之间存在调控关系,虚线表示无实验证据支持,线条的粗细表示作用关系的强弱,关系越强,线条越粗。
2.lncrna_mrna_tf调控网络
demo 示例

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demo 结果解读
上图展示了基于lncrna 转录因子分析的数据绘图的结果,其中红色为lncrna,蓝色为转录因子,绿色为mrna,点的大小表达与周边联系的多少。
3.pathway network调控网络
demo 结果解读
上图展示了基于kegg数据库的pathway关系对网络图,其中每个节点代表一个pathway,点的大小代表与周边联系的多少。
案例展示
案例一  三阴性乳腺癌中tra2a通过调控可变剪切促进紫杉醇耐药性和肿瘤发展
研究背景
目前仍缺乏治疗三阴性乳腺癌(tnbc)的有效手段,其中,紫杉醇耐药是治疗主要的障碍之一。已证实选择性剪接的失调可能会导致肿瘤发展和化疗耐药。人类选择性剪接调控基因tra2有两个旁系同源基因分别负责编码tra2a和tra2b,已有研究证明tra2b与癌细胞存活和治疗敏感性有关,但tra2a在肿瘤发展中发挥的功能尚不清楚。
研究内容与结果
欧易生物携手天津医科大学,对过表达tra2a的细胞株和正常细胞株进行表达谱芯片筛选,发现抗性细胞株中tra2a特异性高表达。分析结果中得到tra2a调控的可变剪接基因有calu、rsrc2和palm。最终研究表明三阴性乳腺癌中tra2a可以增强癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。此外,验证tra2a可以通过调控与癌相关的可变剪接基因rsrc2来增强乳腺癌细胞对紫杉醇的抗性的功能。

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技术路线

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a)tra2a影响的可变剪切示例;b) tra2a影响的可变剪切事件以及
c)正负调控百分比的统计分析;d) tra2a影响靶基因的go富集分析;
e,f)富集条目中的基因的ppi结果;g)靶基因中与癌症相关基因的go富集分析;h,i) tra2a过表达定量结果分析

参考文献
liu t, sun h, zhu d, et al. tra2a promoted paclitaxel resistance and tumor progression in triple-negative breast cancers via regulating alternative splicing. mol cancer ther.2017,16(7):1377-1388. (if: 5.579)


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